DDB1

DDB1 (англ. Damage specific DNA binding protein 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 11-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 140 амінокислот, а молекулярна маса — 126 968[4].

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSYNYVVTAQ		KPTAVNGCVT		GHFTSAEDLN		LLIAKNTRLE		IYVVTAEGLR
PVKEVGMYGK		IAVMELFRPK		GESKDLLFIL		TAKYNACILE		YKQSGESIDI
ITRAHGNVQD		RIGRPSETGI		IGIIDPECRM		IGLRLYDGLF		KVIPLDRDNK
ELKAFNIRLE		ELHVIDVKFL		YGCQAPTICF		VYQDPQGRHV		KTYEVSLREK
EFNKGPWKQE		NVEAEASMVI		AVPEPFGGAI		IIGQESITYH		NGDKYLAIAP
PIIKQSTIVC		HNRVDPNGSR		YLLGDMEGRL		FMLLLEKEEQ		MDGTVTLKDL
RVELLGETSI		AECLTYLDNG		VVFVGSRLGD		SQLVKLNVDS		NEQGSYVVAM
ETFTNLGPIV		DMCVVDLERQ		GQGQLVTCSG		AFKEGSLRII		RNGIGIHEHA
SIDLPGIKGL		WPLRSDPNRE		TDDTLVLSFV		GQTRVLMLNG		EEVEETELMG
FVDDQQTFFC		GNVAHQQLIQ		ITSASVRLVS		QEPKALVSEW		KEPQAKNISV
ASCNSSQVVV		AVGRALYYLQ		IHPQELRQIS		HTEMEHEVAC		LDITPLGDSN
GLSPLCAIGL		WTDISARILK		LPSFELLHKE		MLGGEIIPRS		ILMTTFESSH
YLLCALGDGA		LFYFGLNIET		GLLSDRKKVT		LGTQPTVLRT		FRSLSTTNVF
ACSDRPTVIY		SSNHKLVFSN		VNLKEVNYMC		PLNSDGYPDS		LALANNSTLT
IGTIDEIQKL		HIRTVPLYES		PRKICYQEVS		QCFGVLSSRI		EVQDTSGGTT
ALRPSASTQA		LSSSVSSSKL		FSSSTAPHET		SFGEEVEVHN		LLIIDQHTFE
VLHAHQFLQN		EYALSLVSCK		LGKDPNTYFI		VGTAMVYPEE		AEPKQGRIVV
FQYSDGKLQT		VAEKEVKGAV		YSMVEFNGKL		LASINSTVRL		YEWTTEKELR
TECNHYNNIM		ALYLKTKGDF		ILVGDLMRSV		LLLAYKPMEG		NFEEIARDFN
PNWMSAVEIL		DDDNFLGAEN		AFNLFVCQKD		SAATTDEERQ		HLQEVGLFHL
GEFVNVFCHG		SLVMQNLGET		STPTQGSVLF		GTVNGMIGLV		TSLSESWYNL
LLDMQNRLNK		VIKSVGKIEH		SFWRSFHTER		KTEPATGFID		GDLIESFLDI
SRPKMQEVVA		NLQYDDGSGM		KREATADDLI		KVVEELTRIH

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

DDB1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2B5L, 2B5M, 2B5N, 2HYE, 3E0C, 3EI1, 3EI2, 3EI3, 3EI4, 3I7H, 3I7K, 3I7L, 3I7N, 3I7O, 3I7P, 3I89, 3I8C, 3I8E, 4A08, 4A09, 4A0A, 4A0B, 4A0K, 4A0L, 4A11, 4CI1, 4CI2, 4CI3, 4E54, 4E5Z, 4TZ4, 5FQD, 5HXB
Ідентифікатори
Символи	DDB1, DDBA, UV-XAP1, XPCE, XPE, XPE-BF, damage specific DNA binding protein 1, WHIKERS
Зовнішні ІД	OMIM: 600045 MGI: 1202384 HomoloGene: 1448 GeneCards: DDB1
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • GO:0001948 protein binding • nucleic acid binding • damaged DNA binding • protein-macromolecule adaptor activity • cullin family protein binding • WD40-repeat domain binding • GO:0032403 protein-containing complex binding Клітинна компонента • цитоплазма • Нуклеоплазма • Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex • Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex • Екзосома • клітинне ядро • extracellular space • Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex • protein-containing complex Біологічний процес • regulation of mitotic cell cycle phase transition • nucleotide-excision repair • nucleotide-excision repair, DNA damage recognition • positive regulation by virus of viral protein levels in host cell • histone H2A monoubiquitination • negative regulation of apoptotic process • Wnt signaling pathway • global genome nucleotide-excision repair • biological process involved in interaction with symbiont • positive regulation of viral genome replication • transcription-coupled nucleotide-excision repair • GO:0022415 viral process • nucleotide-excision repair, DNA incision • UV-damage excision repair • Репарація ДНК • proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process • nucleotide-excision repair, DNA incision, 3'-to lesion • nucleotide-excision repair, preincision complex stabilization • nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding • nucleotide-excision repair, preincision complex assembly • nucleotide-excision repair, DNA incision, 5'-to lesion • посттрансляційна модифікація • proteasomal protein catabolic process • cellular response to DNA damage stimulus • Убіквітин-залежний протеоліз • positive regulation of protein catabolic process • ubiquitin-dependent protein catabolic process • regulation of circadian rhythm • positive regulation of gluconeogenesis • ритмічний процес Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	1642	13194
Ensembl	ENSG00000167986	ENSMUSG00000024740
UniProt	Q16531	Q3U1J4
RefSeq (мРНК)	NM_001923	NM_015735
RefSeq (білок)	NP_001914	NP_056550
Локус (UCSC)	Хр. 11: 61.3 – 61.34 Mb	Хр. 19: 10.58 – 10.61 Mb
PubMed search	[1]	[2]
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

Задіяний у таких біологічних процесах як взаємодія хазяїн-вірус, пошкодження ДНК, репарація ДНК, убіквітинування білків. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Hwang B.J., Liao J.C., Chu G. (1996). Isolation of a cDNA encoding a UV-damaged DNA binding factor defective in xeroderma pigmentosum group E cells.. Mutat. Res. 362: 105 — 117. PubMed DOI:10.1016/0921-8777(95)00040-2
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).. Genome Res. 14: 2121 — 2127. 2004. PubMed DOI:10.1101/gr.2596504
• Hwang B.J., Toering S., Francke U., Chu G. (1998). p48 Activates a UV-damaged-DNA binding factor and is defective in xeroderma pigmentosum group E cells that lack binding activity.. Mol. Cell. Biol. 18: 4391 — 4399. PubMed DOI:10.1128/MCB.18.7.4391
• Chen X., Zhang Y., Douglas L., Zhou P. (2001). UV-damaged DNA-binding proteins are targets of CUL-4A-mediated ubiquitination and degradation.. J. Biol. Chem. 276: 48175 — 48182. PubMed DOI:10.1074/jbc.M106808200
• Lin-Marq N., Bontron S., Leupin O., Strubin M. (2001). Hepatitis B virus X protein interferes with cell viability through interaction with the p127-kDa UV-damaged DNA-binding protein.. Virology 287: 266 — 274. PubMed DOI:10.1006/viro.2001.1036
• Leupin O., Bontron S., Strubin M. (2003). Hepatitis B virus X protein and simian virus 5 V protein exhibit similar UV-DDB1 binding properties to mediate distinct activities.. J. Virol. 77: 6274 — 6283. PubMed DOI:10.1128/JVI.77.11.6274-6283.2003

Примітки

1. Human PubMed Reference:.
2. Mouse PubMed Reference:.
3. HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2717 (англ.). Процитовано 28 лютого 2017.
4. UniProt, Q16531 (англ.). Процитовано 28 лютого 2017.

Див. також

• Хромосома 11